اخطار و اتمام حجت دوم بریتانیا هم‌زمان با تصرف جزیره خارگ توسط نیروهای آن دولت، به ایران ابلاغ شد و به همراه آن شرایط سنگینی که بریتانیا برای برقراری صلح با ایران در نظر گرفته بود، از جمله عزل میرزا آقاخان نوری از صدارت و واگذاری بندرعباس به بریتانیا، به امین‌الملک، فرستاده ایران در استانبول، اعلام شد. دو هفته بعد، در در روز ۲۴ صفر ۱۲۷۳ خبر فتح هرات مقارن مرگ سلطان معین الدین میرزا ولیعهد به ناصرالدین شاه رسید. به مجرد فتح هرات، امین‌الملک که تاکنون به دستور شاه منتظر مانده بود، با فرستادگان بریتانیا وارد مذاکره شد. دولت بریتانیا که نیروهای خود را در جنوب ایران مستقر کرده بود، بر شرایط سنگین خود پافشاری کرد ولی شاه به پشت گرمی فتح هرات از امین الملک خواست تسلیم خواسته‌های بریتانیا نشود.مقارن این ایام شاهزاده‌ای هندی از دهلی موسوم به محمدنجف میرزا به دربار قاجار پناه آورد و خواستار یاری ایران به مخالفان هندی بریتانیا شد. محمدنجف میرزا که خود را برادرزاده بهادرشاه، آخرین پادشاه گورکانی هند می‌دانست، شاه را به حرکت دادن نیروهایش از هرات به مرزهای هند تشویق کرد و به او اطمینان داد که انقلابی ضد انگلیسی در هند در حال نضج است که تقارن آن با لشکرکشی شاه به هند موجب استیصال انگلیسی‌ها خواهد شد. اما پیشروی نیروی دریایی بریتانیا در جنوب ایران، شاه را از بلندپروازی‌های بیشتر بازداشت. در اواسط ربیع‌الثانی ۱۲۷۳ نیروهای بریتانیایی بندر بوشهر و نواحی اطراف آن را اشغال کردند و بدون روبه رو شدن با هرگونه مقاومتی پیشروی خود را در خاک ایران ادامه دادند. در ماه رجب در جریان جنگ خوشاب، خانلر میرزا عموی شاه و حاکم خوزستان به سرعت عقب‌نشینی کرد و به این ترتیب مناطق بیشتری به دست نیروهای بریتانیا افتاد. ناصرالدین شاه به دلیل تهی بودن خزانه‌ها خود را از آماده کردن نیرویی برای مقابله با بریتانیا ناتوان دید و حاضر به صلح شد. به دستور او امین الملک به فرانسه رفت و معاهده پاریس را با دولت بریتانیا به امضاء رساند که به موجب آن ایران ملزم شد از تمام ادعاهای خود نسبت به هرات چشم پوشی کند.